Satu daripada keunikan Sekolah Menengah Kebangsaan Agama (SMKA) dan Kelas Aliran Agama (KAA) ialah wujudnya Kelas Kemahiran Membaca dan Menghafaz Al-Quran (KKQ).

Kelas Khas Kemahiran Membaca dan Menghafaz Al-Quran (KKQ) telah dilaksanakan di Sekolah Menengah Kebangsaan Agama (SMKA) sejak tahun 1986 hingga sekarang.

Pelaksanaan ini berdasarkan keputusan mesyuarat Jawatankuasa Perancangan Pelajaran (JPP) pada tahun 1985.

Kelas Kemahiran Membaca dan Menghafaz Al-Quran (KKQ) merupakan salah satu daripada aktiviti ko-kurikulum di SMKA dan KAA berdasarkan pekeliling KP(BPPP) Sulit/03/9/JPP/M(87). Kelas ini hendaklah dilaksanakan di sekolah tertentu.

Jawatan guru al-Quran di SMKA dan KAA telah diperuntukkan di dalam senarai perjawatan (B26) tahun 2002 berdasarkan MEMO daripada Bahagian Sumber Manusia Kementerian Pendidikan Malaysia KP(PP) 0050/Jld.43(9) bertarikh 8 Mac 2002.

JAPIM dari masa ke semasa sentiasa mengadakan kursus-kursus khas kepada guru-guru yang mengajar KKQ di SMKA. Kursus yang sama juga akan diberikan kepada guru-guru yang mengajar di KAA bagi menambah atau melengkapkan guru-guru dengan pengetahuan dan kemahiran dalam bidang berkaitan.